Il GOI, Gruppo Operativo Incursori, è l'unità di attacco le cui attività comprendono le tecniche di attacco non convenzionale ad unità navali in mare, in porto ed alla fonda, l'abbordaggio di navi, la posa di mine, le infiltrazioni di personale per missioni di intelligence o di supporto al tiro di artiglierie navali e le missioni di attacco diretto ad obiettivi di interesse della Marina Militare. Gli incursori si occupano inoltre di operazioni di controterrorismo navale finalizzate soprattutto alla liberazioni di ostaggi.
Al GOS, Gruppo Operativo Subacqueo, appartengono invece i palombari e i sommozzatori specializzati nella bonifica dalle mine e dei vari ordigni che possono essere ritrovati in mare, come ad esempio le bombe inesplose risalenti all’ultimo conflitto mondiale. Il GOS si occupa inoltre delle operazioni di soccorso ai sottomarini e rientra fra i compiti di questa unità anche la difesa subacquea delle unità della Marina Militare durante la permanenza in porto, compito che viene svolto attraverso interventi anti-sabotaggio e i controlli delle carene delle navi per accertare l'assenza di ordigni. L’unità interviene spesso anche nelle operazioni della Protezione Civile e recentemente gli uomini del GOS hanno fornito la loro opera in occasione del naufragio della Costa Concordia dove i palombari hanno aperto varchi mediante cariche esplosive sulla chiglia semi capovolta per consentire la ricerca di superstiti all'interno della nave.
Lo sminamento del Mar Rosso e del Golfo Persico, i numerosi recuperi navali, le ispezioni ai relitti, la bonifica delle coste pugliesi dai 172 ordigni ritrovati nel 2010 nelle acque di Torre Gavetone, in Puglia, le operazioni di rimozione degli scafi affondati nell'isola di Saseno in Albania e le operazioni di rimozione e distruzione dei residuati bellici della guerra del Kosovo rilasciati in Mar Adriatico e sul lago di Garda costituiscono parte dell'attualità dei lavori dei Raparti Subacquei della Marina.
Anche in passato il Rrparto ha prestato la suo opera durante emergenze nazionali come l'alluvione di Firenze, i terremoti del Friuli, dell'Irpinia e l'emergenza Etna.
